Bulgar-Rum kilise sorununda (1840-1872) iki önemli kişi ortaya çıkmıştır. Bunlardan bir Neofit Hilendarski Bozveli, diğeri ise İlarion Makariopolski idi. Neofit Hilendarski, 1839 ilkbaharında İstanbul'a geldiğinde artık Rumlaşmış olan İstanbul'daki Bulgar cemaatine etkili bir konuşma yaparak ilk olarak Fener Rum Patrikhanesi'ne karşı ayaklanma fikrini ortaya atmış, fakat mücadelenin zaferle sonuçlandığını görmeğe ömrü yetmemiştir. İlarion Makariopolski ise, mücadelenin öncüsü olmuş ve sürgünlere gönderildiği halde gerek ruhban sınıfından, gerek halktan diğer mücadele arkadaşlarıyla birlikte ülküsünün gerçekleştiğini gördü. Bulgar kilisesi özellik taşıyan ayinlerini yapma geleneğine sahip bir kilise olarak mücadele etti ve hiçbir şekilde bu konuda taviz vermemeğe çalıştı. Ancak kuruluşundan itibaren milli bir kimlik kazanma ülküsü uğrunda çaba gösterdiği halde, Bulgaristan'ın Osmanlı İmparatorluğu'nun egemenliği altına girmesinden ve özellikle İstanbul'un fethinden sonra Fatih Sultan Mehmet'in kendilerine vermiş olduğu ayrıcalıklara dayanan Fener Rum Patrikhanesi bu ayrıcalıkları kötüye kullandı. Patrikhane, "Megalo idea"yı gerçekleştirmek amacıyla sürekli artan bir şekilde Bulgarlığı, Bulgar milliyetçiliğini ve dilini ortadan kaldırmak için çalıştı ve bu çabalar sonucu Bulgar kelimesinin kullanılmasının ayıp olduğunu Bulgarlara bile kabul ettirmeyi başardı.

Neofit Hilendarski Rum Patrihanesi'nin entrikaları sonuçunda gittiği Tırnovo, Hilendar, Zograf ve Dionisiat'daki sürgünlerden 1845 yılı başında dönüşünde beş yıl önceki döneme oranla şu sebeplerden dolayı gelişmeye uygun bir zemin buldu:


1 -Bulgarların kendilerini baskı altında tutan Fener Rum Patrikhanesi'nin Helenizm propagandasına rağmen, Fransız ihtilalinin ışığında Avrupa'da "millet" kavramının doğması, Payisiy Hilendarski'nin Bulgarların tarihte büyük ve ayrı ir millet olduklarını yansıtan eserlerinin sonucu uyanmaları;
2 - 1839 Gülhane Hatt-ı Hümayunu ile Osmanlı Devleti'nin yönetimi altında bulunan milletlere yeni haklar tanınması ve yeni bir Hatt-ı Hümayunla bunları teyid edilmesi;
3 - İstanbul'daki Bulgar kolonisinin gerek fikri, gerek maddi gelişme yönünden büyük adımlar atması
4 - Bulgar isteklerinin Osmanlı ordusunda Sadık Paşa adıyla görev alan Polonyalı Mihaliç Çayka Çaykovski'nin desteğini görmesi:
5 - Neofit Hilendarski'nin sürgündeyken tanımış olduğu ve İstanbul'da tekrar karşılaştığı, sonradan Tırnovo Metropoliti ünvanını taşıyan Stoyan Mihailovski ile tekrar İstanbul'da karşılaşmaları.

Böyle bir ortam içersinde çalışmaya başlayan Neofit Hilendarski ile Stoyan Mihailovski, Babıali'ye bir şikayet dilekçesi vererek, Fener Rum Patrikhanesi tarafından, kiliselerde ve okullarda ayin ve ders dili olarak Rumcayı kullanmaya zorlandıklarını ve ayrıca piskoposların açgözlülüğü yüzünden Patrikhane için yerli yersiz para topladığını, bu durumun Bulgar cemaatinin ileri derecede hoşnutsuzluğa sebep olduğunu bildirdiler ve Osmanlı hükümetinden Bulgarları korumasını istediler. Bu dilekçenin en önemli noktaları şunlardı:


1) Hangi nedene dayanarak takdir edildiği Bulgarlarca bilinmeyen ve Fener Rum Patrikhanesi tarafından toplanan 7,000,000 kuruşluk verginin Bulgar Eparhiyaları tarafından ödenmemesi:
2) Bulgarlarla meskun yerlerde cemaate ana diliyle hitap edecek eğitim sağlayarak Bulgar piskoposlarının atanması:
3) Eparhiyalardan Piskoposların maaşlarının ve her türlü ayin dışı görevleri sırasında alacakları ücretlerin tespit edilmesi:
4) Fener -Rum Patrikhanesi'ndeki Sen Sinod Meclisi'nde asil üye olarak 3 Bulgar Piskoposun bulunması ve bunların da Bulgar cemaat tarafından seçilip yalnız cemaatin arzusu ile ve Babıali'nin emriyle görevden alınabilmeleri;
5) İstanbul'da Osmanlı hükümeti nezdinde Bulgar Cemaatini temsil eden ve Bulgar cemaatinin isteklerini dile getiren dört Bulgar sivil temsilcisinin bulunması. Aynı zamanda İlarion, Fransızca yazdığı ayrı bir mazbata ile Sadrazam Mustafa Reşid Paşa'ya Bulgar cemaatin uğratıldığı eziyetleri bildirdi. İlarion bu mazbatada, Rumların "megalo idea"larını gerçekleştirmek amacıyla Bulgar neslini eritip tüketmek istediklerini acı bir dille anlatmaktaydı.

Ayrıca Bulgarların bu isteklerine ve bunların elinde olan kilise yönetim fonksiyonundan ayrılmasını ve Bulgarların İstanbul'da bir kilise kurmaları konusunda Babıali'nin yardımını istemekteydi. Mustafa Reşid Paşa, İstanbul Bulgarlarının bu isteklerini büyük bir anlayışla karşıladı ve Fener Rum Patrikhanesi'ne bu konuda bir karar vermesini emretti. Bu emir, Fener Rum Patrikhanesini zor durumda bıraktı ve entrika mekanizması derhal calışmaya başladı. Durumu kurtarmak için Neofit Hilendarski ile İlarion'un Polonyalı ve Rus göçmenlerle ilişkide bulundukları ve bunların ülke için zararlı oldukları söylentisi özellikle yayıldı. Bu söylenti üzerine Patrikhane Osmanlı yönetiminden Neofit Hilendarski ve İlarion'un yakalanarak Aynaroz'a sürülmesi için emir çıkartmayı başardı. Bu olaydın sonra bir gün Patrikhane kavaslarıyla zaptiyeler, Neofit'i yolda giderken yakaladılar, sonra da Patrikhane'de İslavca bir mektup yazılması gerektiği bahanesiyle oraya çağırılan İlarion da tutuklandı. Neofit ile İlarion, Büyükada'ya götürülüp Kidonya adıyla da anılan mevkide bu günkü Aya Yorgi Manastırı'na kapatıldılar.

Dini önderlerinin yakalandığını geç de olsa öğrenen İstanbul Bulgarları, abacı ustabaşısı Eftim Sapunov'un insiyatifiyle toplanarak 12 kişilik bir grup kurdular ve Neofit ile İlarion'u kurtarmak amacıyla Patrikhane'ye gittiler. İlarion ve Neofit'in kapatıldığı yerin kapısını zorlamaya başladıkları sırada Patrikhane kavasları tarafından çağrılan ve çevredeki bir köyden gelen zaptiyelerin müdahalesi üzerine geri dönmek zorunda kaldılar. Durumun ciddiyetini anlayan patrikhane, ertesi sabah iki tutukluyu bir kömürcü mavnası ile Aynaroz'a gönderdi ve bunu önceki padişahlar tarafından kendisine verilen yetkiye dayanarak yaptığını Osmanlı Hükümeti'ne bildirdi. Bu iki önderin kurtarılması için gerek İstanbul, gerek Aynaroz ve gerekse Bulgaristan eyaletlerindeki Bulgarlar olağanüstü çaba harcadılarsa da özellikle patrikhane tarafından önceden tezgahlanan entrikalara inanan İstanbul'daki Rus elçisi Titav'un muhalefeti üzerine bu girişim sonuçsuz kaldı.

Bu arada Sultan Abdülmecit'in Bulgaristan'a yaptığı seyahat sırasında Sviştov, Eski Zağra, Kazanlık ve Gabrovo Bulgarları kendisine Rum ruhani önderlerinin adaletsizliğinden ve zulmünden yakınarak Neofit Bozveli ve İlarion Makariopolski'nin serbest bırakılması için ricada bulundular. 15 Mayıs 1846'da Tırnovo'ya gelen padişah, burada da aynı şikayetlerle karşılaştığından gereken önlemlerin alınmasını emretti. Tırnovo'dan Ruscuk'a geçen Padişah'a 27 Mayıs 1846'da şu noktaları içeren bir dilekçe sundular :

1 - Piskoposların yıllık ücretlilerinin belirlenmesi ve bunların hizmetkarlarının tespiti;
2 - Piskoposların halk tarafından seçilmesi;
3 - Bulgarlara kendi Piskoposlarına sahip olma izninin verilmesi;
4 - Piskoposların, halkça bilinmeyen borçlarının halka yüklenmesine izin verilmemesi;
5 - Osmanlı yönetiminin, Patrikhanenin Bulgar Piskoposlarına İtimadı olmadığı için bunların atanmasına izin vermediği şeklindeki özürlerini dikkate almaması;
6 - Bulgarların, herhangi bir Bulgarın Piskopos olarak atanmasını istemeleri halinde Patrikhanenin her seferinde bunların müfsit olduklarını ileri sürmek suretiyle bu atamayı reddetmesinin önlenmesi. Bu dilekçe, Sadrazam Mustafa Reşid Paşa ve Rus Çarı Nikola 1.tarafından Padişah'ı selamlamak üzere Rusçuk'a gönderilen General Nayden Gerov ile Sırp Prensi Aleksandar Karayorgiyeviç'in huzurunda Sultan Abdülmecid'e sunuldu. Buna rağmen durumdan haberdar olan Patrikhane, bütün bunların kendilerini kontrol eden Rum Piskoposlarının denetiminden kurtulmak isteyen Bulgarların bir komplosu olduğuna Babıali'yi inandırdı ve dolayısıyla Bulgarların girişimi de sonuçsuz kaldı. Bu arada Neofit Bozveli. Aynaroz'da öldü. (4 Temmuz 1848) İlarion da affedilerek İstanbul'a geldi (28 Kasım 1850).